Yon vanyan sòlda Ninja brav tonbe nan yon pèlen e kounye a, lavi l 'an danje. Ou nan jwèt Ninja Jump & Run la pral ede ewo a siviv epi soti nan li. Ewo ou a pral bezwen kouri sou tribin ki parèt soti nan okenn kote epi Thorne nan espas. Tout nan yo pral separe pa yon distans sèten. Se poutèt sa, kouri moute nan kwen nan yon platfòm, Ninja a pral gen fè yon so ak vole nan lè a jwenn tèt li sou yon lòt platfòm.